La pandémie actuelle du Covid-19 impose une stratégie diagnostique pour la prise en charge des patients. La performance du frottis nasopharyngé avec analyse par PCR peut être estimée sur la base des premières données bibliographiques. Celles-ci, certes de qualité faible, d’après des études dans plusieurs pays montrent une sensibilité de 56 à 83 % pour la PCR Covid-19. Notre recherche a porte sur les outils suivants :Un interrogatoire 120 citoyens venant des zones endémiques,ainsi que l,analyse d,un prélèvement effectue sur 101 patients ou individus des villes de Gafsa et d,Elguettar durant la période allant du 25 mars au 5 mai 2020 .(avec la participation de Mr Md Bechir Chaabani ,et en collaboration avec Dr Hayet Abbassi « Amercan Public Health Association Minnesota USA » .

Ces prélèvements ont été exécutes à domicile et dans les établissements sanitaires …etc. par écouvillonnage naso-pharynge pour le dépistage du covid 19 c,est à dire la présence du virus SARS-CoV-2 présent dans les sécrétions naso-pharyngées et oro-pharyngées (gorge). Par la réaction de RT-PCR (reverse transcriptase-polymerase chain réaction)

Il ressort dans de l,exécution des campagnes de dépistage COVID19 par RT- PCR en Tunisie,il y a des pratiques de prélèvements inadaptées dues aux manques d’expériences, de formation approfondies et appropriées .

Nous savon par ailleurs que la qualité du prélèvement a une incidence directe  sur la fiabilité du résultat. Tout prélèvement inadapté augmente le risque de faux négatif, avec toutes les conséquences graves qui pourraient en découler en terme de santé publique.

En fonction des données dont nous disposons actuellement, il faut considérer que tout test de dépistage COVID-19 par RT-PCR avec écouvillonnage, impose d’avoir recours à un prélèvement nasopharyngé, même si ce type de prélèvement peut être désagréable, voire douloureux pour le patient. Il faut souligner

également que la sensibilité de ces tests, même lorsqu’ils sont faits dans les règles, est comprise entre 65-70 %(d’après des études dans plusieurs pays). Les prélèvements des expectorations profondes et sur lavage brocho-alvéolaires, obtiennent de bien meilleurs résultats.

Dans cette période de crise sanitaire majeure, les Biologistes Médicaux se doivent d’accompagner au mieux les patients et les prescripteurs dans la gestion

de cette pathologie virale extrêmement contagieuse. Les prélèvements narinaires ont pour conséquence un nombre important de faux négatifs, ce qui peut conduire à des conduites à risque chez des patients qui sont alors rassurés à tort. Dans ce contexte, le prélèvement narinaire doit être absolument proscrit.

ALOUI MD MONCEF

1. INTRODICTION

Les corona virus forment une famille comptant un grand nombre de virus qui peuvent provoquer des maladies très diverses chez l’homme, allant du rhume au SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère), et qui causent également un certain nombre de maladies chez l’animal. Dans l’histoire récente, trois virus du genre Betacoronavirus de cette famille et d’origine zoonotique, ont occasionné des

épidémies de syndrome respiratoire sévère. Il s’agit du SARS-CoV, responsable de l’épidémie de 2002-2003 qui a touché plusieurs régions du globe, entre autres la province de Guandong en Chine et la ville de Toronto (ce virus ne se transmet plus entre humains depuis 2003) , du MERS-CoV, qui a émergé en 2012 au Moyen-Orient et dont la transmission se poursuit à ce jour ; ainsi que du SARS- CoV-2, responsable de la Covid-19, l’épidémie d’infections respiratoires ayant émergé à Wuhan en Chine en décembre 2019. Ce guide résume les points essentiels en lien avec les analyses de détection de ce dernier virus.

La période de contagion varie d’une étude à l’autre. En général, sont considérés des cas à investiguer les personnes qui ont voyagé dans une zone à risque ou en contact avec un cas suspect ou confirmé durant une période pouvant aller jusqu’à 14 jours précédant la présentation clinique. L’évolution de

l’épidémiologie vers une transmission communautaire amène un élargissement des critères d’investigation..

Les tests de dépistage naso-pharyngés sont-ils vraiment fiables pour détecter le Covid-19 ? On sait qu’il existe une marge d’erreur et qu’il y a un risque d’être victime d’un « faux négatif », c’est-à-dier d’être dépisté négatif alors que l’on est réellement porteur du virus, mais selon une étude de la KU Leuwen (l’université de Louvain), en Belgique, cela concernerait 30% des malades du Covid-19 ! Un chiffre qui rejoint ceux avancés par plusieurs médecins en France.

Qu’est-ce qu’un coronaires ?

Les corona virus forment une vaste famille de virus qui peuvent être pathogènes chez l’animal ou chez l’homme. On sait que, chez l’être humain, plusieurs coronavirus peuvent entraîner des infections respiratoires dont les manifestations vont du simple rhume à des maladies plus graves comme le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Le dernier corona virus qui a été découvert est responsable de la maladie à corona virus 2019 (COVID-19).

Qu’est-ce que la COVID-19 ?

La COVID-19 est la maladie infectieuse causée par le dernier coronavirus qui a été découvert. Ce nouveau virus et cette maladie étaient inconnus avant

l’apparition de la flambée à Wuhan (Chine) en décembre 2019. La COVID-19 est maintenant pandémique et touche de nombreux pays dans le monde.

SYMPHOMES

Une étude sur 1994 patients chinois : Fièvre (88%), toux (69%), myalgie ou asthénie (36%), expectorations (28%), dyspnée (22%), céphalée (12%), diarrhée

(5%) vomissements (4%). Profil biologique : lymphopénie (64%), thrombopénie

(36%), CRP élevée (44%), LDH élevé (28%), Leucopénie (29%). L’intensité de la pan cytopénie semble corrélée à la gravité. Profil radiologique : opacités en verre dépoli au scanner et opacités bilatérales à la radio pulmonaire Sexe ratio : homme = 60% Facteurs associés aux formes sévères : âge > 50 ans, morbidité Facteurs associés à la mortalité : âge > 70 ans, cancer, obésité, diabète, HTA, BPCO Epidémiologie : Age moyen des contaminés : 47 ans [35-58], Soignants : 3,5% des COVID+, Passage à la forme grave : en deux temps, au bout de six jours du début des signes cliniques avec évolution très rapide vers un tableau de SDRA et détresse respiratoire. En cas de détresse respiratoire : pas de VNI ni d’Optiflow® (risque d’aérosol des virus) : ventilation mécanique de première intention après masque.

Mode de Transmission

• Transmission interhumaine à SARS-CoV-2 se fait par :
• La projection de gouttelettes
• Un contact direct
• L’intermédiaire  de  surfaces  souillées,  Aérosol  possible  lors  de soins exposants.

2-PRELEVEMENT

• -Prélèvement à domicile

•       Patient

   Demander au patient de revêtir un masque chirurgical et l’informer de la nécessité des mesures de protection devant être prises (fiche patient) ..

•       Tenue recommandée pour le préleveur

   Port  d’un  masque  de  protection  type  (APR)  FFP2  en  vérifiant l’étanchéité au visage (réalisation d’un fit check) pour tout personnel de santé habilité aux prélèvements avant d’entrer dans la chambre

   Sur blouse à usage unique à manches longues

   Port systématique de lunettes de protection

   Port  d’une  protection  complète  de  la  chevelure  (charlotte,  calot couvrant…)

    Port de gants à usage unique.

•       Réalisation du prélèvement

   Le prélèvement est réalisé par des personnels formés et équipés

   Prélèvement  de  type  naso-pharyngé  des  voies  respiratoires  hautes par écouvillon de type Virocult, UTM ou Eswab ;

   La   traçabilité   du   prélèvement   doit   être   effectuée   sur   place (identification du patient et du prélèvement).

•       Maitrise de l’élimination des déchets

   En   cas   de   prélèvement   réalisé   au   domicile   du   patient,   les équipements de protection individuelle (EPI) doivent être retirés avant la sortie du domicile et éliminés en double emballage fermé, sauf pour les lunettes qui seront retirées après la sortie du domicile

   Les   lunettes   devront   être   nettoyées   au   moyen   de   lingettes désinfectantes virucides ou à l’eau de Javel 0,5% ;

   Réalisation avec une rigueur absolue des gestes d’hygiène des mains par friction hydroalcoolique ou lavage des mains.

2-2-Prélèvement dans le cadre d’un circuit ambulatoire dédié et isolé

   le prélèvement naso-pharyngé peut être réalisé directement

   Le  patient  devra  être  muni  d’un  masque  chirurgical  à  son  arrivée. S’il n’en dispose pas à son arrivée, un masque devra lui être remis dès son accès dans l’espace dédié. Il ne devra l’enlever que pour qu’il soit procédé au prélèvement nasopharyngé.

•       Tenue recommandée

   Protection du préleveur habilité (charlotte, masque FFP2, lunette et blouse et sur blouse si non imperméable ou un tablier dessous).

2-3-Comment faire un prélèvement nasopharyngé ?

Le dépistage du Covid-19 est rendu possible grâce à un test de biologie moléculaire dit PCR, qui consiste à réaliser un prélèvement naso-pharyngé avec un écouvillon (une sorte de grand coton-tige) inséré dans le nez. “Il faut enfoncer l’écouvillon jusque dans l’arrière-gorge, au-delà de la ligne des yeux. Il y a le risque de faire un peu pleurer le patient, de lui faire un peu mal, mais c’est presque un facteur de succès.

• Veillez à utiliser la protection personnelle nécessaire. Lors du prélèvement, une personne peut tousser, mais cela n’est pas considéré comme générant des aérosols. Suivez la procédure pour la protection contre les gouttelettes : utilisez des gants, un tablier, un masque chirurgical et si possible des protections oculaires.
• Identifiez l’échantillon o Référence du patient
• Date de l’échantillon
• Coordonnées du médecin qui a prélevé l’échantillon.
• Avertissez le patient que cet examen peut être désagréable pendant un court instant.
• Enfoncez doucement l’écouvillon profondément dans la narine (jusqu’au

nasopharynx: environ jusqu’à la moitié de la longueur du nez à l’oreille presque 4 à 6 cm) et détachez autant de cellules que possible en grattant la face interne de la narine.

• Utiliser un écouvillon pour les deux prélèvements. Commencer par le prélèvement oropharynx et terminer par le nasopharyngé..

2-3-1-Étapes préalables

• Vérifier les antécédents médicaux de l’usager.
• Compléter, au besoin, les informations auprès de l’usager.
• Prendre connaissance de l’ordonnance collective « Initier et effectuer un test diagnostique pour le virus du SARS-CoV-2 par écouvillonnage nasopharyngé et oropharyngé » .

Rassembler et préparer le matériel

   Vérifier la date de péremption sur l’emballage de l’écouvillon .

• Préparer l’étiquette d’identification pour le spécimen et l’apposer

.directement sur le tub

• Compléter la requête de laboratoire avec les informations ciblées, le cas échéant.

• Procéder à l’hygiène des mains .
• Revêtir l’ÉPI selon la situation, soit précautions additionnelles gouttelettes/contact/oculaire ou aériennes/contact/oculaire .

Ajuster la surface de travail, la nettoyer, la désinfecter et déposer le matériel.

2-3-2-Étapes exécutoires

PRÉPARATION DE L’Usager AU PRÉLÈVEMENT ORO ET NASOPHARYNGÉ

1. Assurer l’intimité de l’usager.
   1. Procéder à l’identification sans équivoque de l’usager
   1. Expliquer la procédure à l’usager ou à la famille et obtenir son consentement.

Informer l’usager que la procédure peut lui provoquer un inconfort tel que :

• Haut-le-coeur
• Envie d’éternuer ou de tousser
• Larmoiement

Sensation de brûlure dans la narine

B-ÉCOUVILLONNAGE – PRÉLÈVEMENT OROPHARYNGÉ

• Déprimer la portion postérieure de la langue à l’aide d’un abaisse-langue.
  • Demande à l’usager de vocaliser des sons « A » dans les notes les plus aiguës (favorise l’ouverture du pharynx).
  • Insérer l’écouvillon : éviter de toucher les lèvres, les dents, la langue, les joues et la luette.

2.4 Frotter rapidement la portion postérieure du pharynx et les amygdales avec l’écouvillon.

2.5. Retirer rapidement l’écouvillon en évitant de toucher les structures de la bouche, puis retirer

l’abaisse-langue.

C- ÉCOUVILLONNAGE – PRÉLÈVEMENT NASOPHARYNGÉ UTILISER LE MÊME ÉCOUVILLON QUE POUR LE PRÉLÈVEMENT OROPHARYNGÉ.

• Mesurer la distance entre la narine et le début de l’oreille externe et diviser cette mesure en 2 (en moyenne 4 cm chez l’adulte).
  • Donner un mouchoir à l’usager et lui demander de se moucher. Ceci permet de retirer l’excès de mucus (sa dépend de prélèvement)
  • Installer l’usager dans une position confortable et favorable au soin :
    • Position assise, tête légèrement penchée vers l’arrière OU décubitus dorsal avec tête du lit en semi-Fowler
    • Prendre l’écouvillon par la partie supérieure de la tige uniquement afin d’éviter la contamination.
    • Introduire l’écouvillon dans la narine en ligne droite sur la distance préalablement mesurée et éviter d’aller vers le haut.
    • Une légère rotation de l’écouvillon peut faciliter l’insertion Si obstruction avant l’atteinte de la distance mesurée, changer de narine.
  • Presser l’écouvillon flexible sur la muqueuse et faire plusieurs légères rotations durant 10 secondes, ce qui déloge et permet d’absorber davantage de cellules

épithéliales présence de filament de sang est possible, mais l’échantillon demeure valide.

• Introduire l’embout de l’écouvillon dans le tube de transport. Ceci permet de libérer les cellules.( tube avec le milieu de transport viral stable à température ambiante pour la collecte et la conservation à long terme des virus UTM « Universel Transport Medium (UTM) »
  • Briser la tige de l’écouvillon au niveau de la rainure en appuyant la tige sur le bord du tube. Éloigner le tube de son visage.
  • Fermer hermétiquement le bouchon du tube de transport.
  • Agiter doucement l’écouvillon dans le milieu de transport, ce qui permet de libérer

les cellules.

• Mettre le spécimen dans le sac

*Réinstaller l’usager confortablement, le cas échéant.

*Disposer du matériel selon la procédure de l’établissement.

*Retirer ,EPI

*Procéder à l’hygiène des mains selon la procédure établie lors du retrait de l’ÉPI.

* Dans l’attente de l’envoi, conservez l’échantillon au frigo (+4°C DÉLAI DE CONSERVATION : Maximal 48 heures TEMPERATURE DE CONSERVATION : Réfrigère (2 à 8 °c)

Expédition des échantillons pour le diagnostic

Les échantillons peuvent être conservés au réfrigérateur et expédiés dans un colis contenant des sachets réfrigérants (ice-packs) s’ils sont reçus au laboratoire moins de 72 heures après le prélèvement. Sinon, ils seront congelés et expédiés sur glace sèche. Éviter les cycles de congélation- décongélation.

L’emballage, l’expédition et le transport des échantillons doivent être conformes aux exigences du règlement de Transport. Les spécimens prélevés de patients chez qui on suspecte une infection par un corona virus

Un test diagnostique du SARS-CoV-2 peut être effectué en cas de suspicion de maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) à l‘examen clinique et en complément à des examens approfondis (tomodensitométrie, etc.). Il peut être effectué par des tests de réaction en chaîne par polymérase après transcriptase inverse pour la détection de l’ARN viral (RT-PCR) ou par des tests à base d’anticorps ELISA pour la détection des protéines du virion.

D-Le lavage broncho alvéolaire, la deuxième option

A ce stade, il est donc préférable de réaliser un lavage broncho alvéolaire (LBA) par fibroscopie bronchique. Le LBA consiste à injecter un liquide physiologique chauffé à 37 °C dans les bronches et les alvéoles pulmonaires.

Cette solution va nettoyer les poumons et sera ensuite aspirée par le fibroscope pour être analysée. Cette méthode est largement utilisée pour dépister des maladies comme la tuberculose ou les pneumonies bactériennes.

Il est donc parfois nécessaire de chercher le virus ailleurs dans le corps, ce qui explique pourquoi des prélèvements dans le nasopharynx soient négatifs chez une personne infectée par le Covid-19. « Quand on prélève dans le nez, on trouve 40% de cas positifs, explique dans La Croix Anne Goffard, médecin virologue au CHU et à l’Institut Pasteur de Lille. Tandis que lorsqu’on prélève plus en profondeur, on en recense 80 %” chez les mêmes personnes.

SUBDIVISIONS

2-3  Autre prélèvements

Afin d’éviter les faux négatifs, les professionnels de santé rappellent qu’il est nécessaire d’explorer les deux narines lors du prélèvement. Dans le cas d’un patient sévère, un prélèvement dans la trachée ou dans les bronches pourrait être plus pertinent, étant donné que le virus migre progressivement vers les voies respiratoires. Au bout de quelques jours, la charge virale dans le nez d’un patient pourtant symptomatique pourrait donc être nulle.

2-4    Problème de prélèvement

Si la machine détecte le virus, impossible qu’elle fasse erreur. «Par contre, ajoute-t-il, comme toutes les technologies, elle a une sensibilité limite. Quand l’échantillon contient peu de virus, elle peut ne pas le détecter.» Si le test se trompe, ce n’est donc pas la faute de la machine, mais celle de la matière

analysée…

«Pour être correctement réalisé, le prélèvement doit être fait à l’aide d’un

écouvillon introduit par le nez jusque dans le nasopharynx et que l’on va tourner

plusieurs fois sur lui-même pour faire le frottis, explique-t-il. Si ce n’est pas fait correctement, il est possible que le résultat soit négatif.»

C’est pourquoi il est important que les personnes qui réalisent la manœuvre soient parfaitement formées. «S’il y a des doutes sur la qualité du frottis ou si le résultat est négatif lorsque le tableau clinique est évocateur, un deuxième frottis doit être effectué.»

Le risque de renvoyer chez lui un patient négatif au coronavirus, alors qu’il est en fait contagieux, est faible

L’autre possibilité pour expliquer un «faux négatif», soit un résultat négatif chez un patient qui est pourtant bel et bien infecté, serait une charge virale très faible dans son nez et sa gorge, mais forte dans ses poumons. «Il arrive que les patients infectés ne présentent que peu ou pas de symptômes naso-pharyngés mais juste une toux,. Dans ce cas, le premier test pourra s’avérer négatif, mais sera positif

au niveau pulmonaire après une intubation en cas d’évolution défavorable. Mais cela reste rare.» En outre, pour ne rien simplifier, la charge virale varie au cours du temps. Donc un test au Covid-19 négatif la veille peut devenir positif le lendemain.

1- Types de tests

Quels sont les tests existants ?

Il y a deux groupes de tests :

Le test de référence, ou PCR en temps réel. C’est celui qui est actuellement utilisé en Tunisie. Ce test s’effectue par un prélèvement —fort désagréable— dans la muqueuse du nez et de la gorge. Ce prélèvement est ensuite envoyé, sous certaines conditions de préservation, aux différents laboratoires : les trois laboratoires de Tunis, ceux de l’Institut Pasteur, Charles Nicolle et l’hôpital militaire. Les laboratoires de Sfax, Monastir et Sousse,. Les résultats sont disponibles au bout de quelques heures. Le délai est variable car ces tests se font

de façon groupée, et non au cas par cas, ce qui peut allonger les délais. Mais on s’attache à ne pas dépasser les 24heures.

Les uns se pratiquent comme le PCR, par un prélèvement nasal. Ce sont les tests antigéniques qui permettront de savoir si vous avez été en contact avec le virus. Les autres par la prise d’une goutte de sang : ce sont des tests sérologiques, qui montreront si vous avez eu le virus, même de façon non symptomatique, et si votre organisme a réagi en développant des anti- corps. L’intérêt de ces tests est qu’ils sont d’exécution aisée, qu’ils ne nécessitent pas une formation

particulière, et qu’ils peuvent donc être réalisés à grande échelle.

Quelle est la fiabilité de ces tests ?

. Pour les tests PCR actuellement pratiqués, la fiabilité, en fonction des réponses des spécialistes, prélèvement, celle des conditions dans lesquelles il aurait été transporté. Ou encore de l’étape de la maladie. Le virus peut avoir déjà quitté le nez et la gorge pour être descendu dans les poumons. Ceci dit, le test est un maillon dans un faisceau d’arguments : des signes cliniques parlants, un deuxième test en cas de doute, ou encore un scanner si nécessaire.

les tests rapides, leur fiabilité est moindre. Ils permettront, néanmoins, de débroussailler le terrain, détectant les cas positifs, et permettant une prise de décision rapide. Les cas négatifs, mais néanmoins suspects, seront vérifiés, confirmés ou infirmés en un deuxième temps par le test PCR..

3-1-tests virologiques RT-PCR

Le dépistage de la maladie COVID-19 repose sur la réalisation de tests virologiques RT-PCR, essentiellement sur prescription médicale. , ces tests sont accessibles à toutes les personnes fragiles, ou présentant des symptômes, ou ayant été en contact avec un malade avéré.

3-1-1 Combien de temps pour obtenir les résultats d’un test PCR?

Trois à six heures sont nécessaires pour analyser un échantillon naso-pharyngé, sans tenir compte des délais d’acheminement.

3-1  -2 La détection du matériel génétique du virus

La réaction de RT-PCR (reverse transcriptase polymérase Chain réaction), communément appelée dans les médias test PCR, test nucléotidique ou test moléculaire, permet de détecter avec une spécificité et sensibilité inégalée la présence dans un prélèvement biologique de l’ARN du virus. Ce test fut le

premier disponible pour diagnostiquer le SARS-CoV-2 car il peut être rapidement développé sur base de la séquence du virus.

L’ARN présent dans le prélèvement doit tout d’abord être purifié par ajout de différents solvants. Cette étape d’extraction, qui se termine par la resuspension de l’ARN dans de l’eau, dure entre une et deux heures. La RT-PCR elle-même comprend deux étapes majeures. L’ARN doit tout d’abord être transformé en ADN par une enzyme transcriptase réverse (RT). Cette enzyme prend l’ARN comme modèle pour synthétiser une séquence d’ADN dit

complémentaire (ADNc). L’ADNc du virus, si celui-ci est présent dans le prélèvement, est ensuite fortement amplifié par une réaction de polymérase en chaîne (PCR) quantitative. Cette réaction a lieu en trois phases. Une

dénaturation de l’ADNc par chauffage à 95 °C pour séparer les deux brins qui le composent, une hybridation des amorces aux extrémités de la séquence recherchée, puis une élongation grâce à l’action d’une enzyme ADN polymérase à 58 °C. Les amorces sont des séquences d’ADN simple brin spécifiques du virus. Ce sont elles qui garantissent la spécificité de la réaction d’amplification. Seuls les brins d’ADN fixant ces amorces sont amplifiés. La durée d’un cycle de PCR est de l’ordre d’une minute. Il est répété 45 fois pour

obtenir une multiplication exponentielle de la séquence d’ADN cible. C’est cette phase d’amplification qui confère au test RT-PCR une très haute sensibilité.

3-2- tests rapides

D’autres types de tests ont fait leur apparition afin d’augmenter et de compléter la capacité de dépistage. C’est notamment le cas des tests dits « sérologiques » (toujours en cours d’évaluation), qui ont pour objectif de détecter la présence d’anticorps spécifiques au coronaires dans le sang. Il en existe deux sortes : des tests classiques utilisant la méthode Elisa (enzyme

linked immuno sorbentassay), réalisables sur des automates capables d’effectuer des centaines de tests par jour. Et des tests rapides d’orientation

diagnostique (TROD), détectant les anticorps à partir d’une simple goutte de sang, en quelques minutes.

3-2-1 La détection des protéines du virus

Des tests sur le terrain (tests dit Point-of-Care, POC), ont également été développés pour détecter la présence du virus.

Les tests dits « antigène rapide » permettent la détection des protéines du virus chez un individu en quelques minutes. Un prélèvement est réalisé dans les cavités nasales, comme pour le test RT-PCR. La présence des protéines virales est mise en évidence à l’aide d’anticorps spécifiques de ces protéines couplés à une enzyme permettant une réaction colorimétrique sur une languette, comme pour un test de grossesse disponible en pharmacie.

3-2  -3 La détection de la réponse immunitaire contre le virus

En réponse à l’infection, le système immunitaire de l’hôte produit des anticorps spécifiques contre les protéines du virus. Une partie de ces anticorps empêchent le virus de se fixer sur les cellules de l’hôte et sont dits neutralisant.

Les anticorps contre le virus sont présents dans le sang des individus infectés. Ils peuvent être détectés en réalisant un test immuno-enzymatique. Des protéines recombinantes du virus, synthétisées in vitro par génie génétique, sont fixées sur un support et capturent les anticorps spécifiques présents dans le sérum du

patient. La présence d’anticorps est ensuite révélée par une réaction enzymatique qui libère un composant coloré.

On peut distinguer les tests de type ELISA (enzyme-linkedimmunosorbentassay) réalisés en laboratoire sur un prélèvement sanguin (veineux) classique. Et les tests POC par piqûre aux doigts (dits finger-prick). Dans le cas de l’ELISA, la réaction colorimétrique est mesurée de manière quantitative avec

un spectrophotomètre, ce qui permet un dosage précis des anticorps. C’est le cas du test de la société allemande EURO IMMUN. Dans le cas des tests finger- prick, comme le test de la société Belge ZenTech, la lecture du résultat

s’effectue à l’œil sur une languette.

La production d’anticorps spécifique contre le SARS-CoV-2 est détectable à partir de 10 à 20 jours, en moyenne, après le début de l’infection. Elle offre

donc une information historique sur l’infection et permet d’identifier les individus potentiellement protégés contre celle-ci. La réponse immunitaire est cependant très variable entre individus et, bien que la Chine a utilisé avec succès des tests de type finger-prick pour lutter contre l’épidémie, nous manquons encore de recul pour apprécier la fiabilité des tests sérologiques de ce type sur une large population. De plus, il est indispensable de pouvoir exclure toute réaction croisée de ce test avec la réponse immunitaire contre les 6 autres coronavirus (HCoV-229E, HCoV-HKU1, HCoV-OC43, HCoV-NL63, SARS-

CoV et MERS-CoV) pouvant infecter l’humain. Enfin, il serait utile que ces tests permettent, à terme, de discriminer entre les individus naturellement infectés et les individus qui seront vaccinés. Une attention toute particulière est donc requise pour le développement des tests sérologiques

DONC LE TEST RAPIDE : C ‘est un test sanguin. Il est réputé plus fiable. Cette méthode va permettre de détecter si une personne a été contaminée, en contact avec le virus. On peut ainsi déceler les asymptomatiques plus facilement car le test sérologique montre la réponse de l’organisme face au virus en « pistant » la présence d’anticorps. Cette dernière est le signal d’une réaction du système immunitaire face à l’agression virale. Le test sérologique est capable de différencier les anticorps produits en début de contamination et ceux qui sont ensuite produits. Cette méthode peut identifier les personnes infectées qui n’ont

pas développé de symptômes, mais étaient malgré tout contagieuses. Elle

cartographie bien mieux l’épidémie sur l’ensemble du territoire en identifiant la circulation du virus.

Comment se pratique-t-il ? C’est une simple prise de sang pour vérifier la présence d’anticorps produits après passage du virus. Il suffit, dans la majorité des cas, d’une goutte de sang sur une bandelette-test avec antigène dessus. Si

elle réagit, c’est que le test est positif au coronaires. A la différence du test nasal, le test sérologique va montrer si la personne est immunisée contre le Covid-19.

Il faut de 15 à 30 minutes pour réaliser le test après prise de sang. Ce test est le complément idéal du RT-PCR.

Les inconvénients ? Le test est négatif dans les premiers jours de la

contamination car le système immunitaire n’a pas produit suffisamment d’anticorps. Mais le plus gros souci est qu’il n’y a pas un seul test mais plusieurs

3-3-différence entre un test PCR et un test sérologique

« Si vous présentez des symptômes de la maladie, il faut privilégier les tests RT- PCR en première intention

Le test PCR permet de détecter la présence du virus au moment où le patient effectue le test.

• De leur côté, les tests sérologiques, grâce à un test sanguin, permettent d’identifier la présence d’anticorps de classes IgM et IgG, spécifiques au SARS-CoV-2. Ils permettent donc de définir le statut immunitaire d’une personne, en clair de savoir si elle est immunisée contre le virus, même si elle n’a pas présenté de symptômes du COVID-19.

ils ne doivent pas être utilisés en première intention. « La sérologie permet, à posteriori, de compléter un diagnostic qui n’aurait pas été établi par la PCR (faux négatif)

3-4 les tests sérologiques pas recommandés pour un dépistage généralisé « Cela ne sert à rien d’effectuer un test sérologique si vous présentez des

Symptômes depuis deux ou trois jours. Le risque de faux négatif est très important au début de la maladie, car les anticorps ne se forment pas immédiatement. On estime qu’aux alentours du 15e jour, les tests sont fiables à

80-90 %. Ce seuil atteint 95 à 100 % au bout de trois semaines. Mal utilisés, ces tests pourraient donc induire en erreur les patients sur leur immunité.

Les tests sérologiques, en complément de la RT-PCR, peuvent permettre de répondre à la question « suis-je ou ai-je été malade du COVID-19 ? ». En revanche, les tests sérologiques ne permettent pas de répondre à la question « suis-je contagieux ? ». Enfin, ils ne permettent pas encore de répondre à la question « suis-je protégé contre le COVID-19 ?»

3-5  Immunité à géométrie variable

Reste une question: combien de temps pourrait durer une immunisation au SARS-CoV-2? «Pour certaines pathologies comme la polio ou la varicelle, elle peut perdurer toute la vie, alors que pour beaucoup d’autres, ce n’est pas le cas,. En ce qui concerne ce corona virus, il faudra, pour le savoir, davantage de recul, et nous n’en sommes qu’au début de l’épidémie. Tout ce que nous pouvons faire, pour le moment, c’est attendre et observer.»

NB : De recherche d’anticorps (ou sérologiques)

Des kits ne sont pas, dans un premier temps, destinés aux particuliers, mais aux hôpitaux et médecins : ils détectent la présence d‘anticorps de classe IgG dans le sang. Ils ont une très bonne spécificité (100 %), mais une sensibilité maximale de 70 % (après la période d’incubation de 10 jours) La sensibilité théorique est sans doute un peu moins élevée dans la population plus âgée, à cause du phénomène d’immunodéficience. À cause de la période d’incubation qui peut durer 20 jours, ils ne semblent pas pouvoir être utilisés seuls pour faire du dépistage.

Une etude (France) de 60 à 70% de fiabilité. Il y a donc une chance sur trois pour qu’un patient réellement contaminé rentre chez lui avec un test négatif, l’esprit tranquille. Ce résultat mitigé peut s’expliquer par plusieurs facteurs. D’une part, la quantité de virus présente au moment du frottis. précise : « Des personnes qui sont infectées peuvent avoir très peu de virus au niveau du nez,

mais beaucoup au niveau des poumons. Le test va être négatif ou très faiblement positif alors que l’infection peut être très sévère ». D’autre part, le timing du test est très important. Il faut réaliser le test au moment où le virus est présent chez le patient. Or cette présence est transitoire. « Le virus est présent au moment de l’apparition des symptômes. Avant ça, on peut être infecté, mais toujours dans la

période d’incubation où le virus n’est pas encore détectable », Et si le test PCR est réalisé après l’infection, le virus ne sera probablement pas détecté non plus car il est éliminé naturellement par le système immunitaire. D’autres tests Il

existe d’autres méthodes pour compléter et préciser un diagnostic. En hôpital, un scanner des poumons peut être réalisé. « On sait réagir même quand le test PCR est négatif »,. Cette méthode ne se fait que sur des patients déjà hospitalisés. Il n’est donc pas possible de la généraliser à plus large échelle.

«Le nez est un très bon spécimen, mais quand on a des doutes, les poumons ont l’air d’être encore un meilleur spécimen,( complète Emmanuel André )Quelqu’un qui est super malade, qui est en pneumonie aux soins intensifs, ça se peut que son test dans le nez soit négatif, mais que sa bronchoscopie soit positive.»

Le matériel génétique du coronavirus SARS-CoV-2 est un ARN positif monocaténaire (ssRNA). Cet ARN code pour quatre protéines structurelles : épine (spike, S), enveloppe (envelope, E), membrane (membrane, M) et nucléocapside (nucleocapsid, N).

1-                                                                                 FAUX NEGATIFS

test negatif pour le frottis nasal alors que le virus est encore présent

Les personnes qui souffrent du COVID-19 s’avèrent souvent positifs au début pour le frottis nasal, mais plus après environ une semaine, alors que le virus est encore bien présent dans le liquide pleural et dans la toux

« Ces individus ont très souvent un résultat négatif (…) alors qu’ils peuvent être contagieux pendant 14 jours supplémentaires «

Comment se pratique-t-il ? Il s’agit d’un écouvillon (sorte de grand coton-tige) que l’on enfonce dans le nez du patient pour y prélever de l’ADN. L’écouvillon est ensuite plongé dans un principe qui va réagir à la présence éventuelle du virus. Le résultat tombe au bout de quelques heures. Jusque-là, ce test est réalisé sur prescription médicale et ne prend que quelques secondes. Il est effectué par des infirmiers, pharmaciens ou médecins.

Les inconvénients ? le test PCR ne réagit à la présence du Covid-19 que si la personne testée est déjà malade et dans les premiers jours du symptôme. Il ne sera pas capable de signaler une contamination sans que la maladie ne se soit déclenchée. De plus, le test étant assez dur physiquement (il faut enfoncer profondément l’écouvillon, traverser les fosses nasales et aller buter jusqu’à la partie supérieure du pharynx), les risques de faux négatifs peuvent survenir si la détection n’est pas assez précise. Pour certains cas plus sévères, le prélèvement se fait par la bouche, en allant jusqu’à l’arrière de la gorge et/ou dans la trachée car le virus se propage ensuite vers les voies respiratoires. Selon plusieurs études, les cas de faux négatifs pourraient représenter 30% des patients testés.

4-1  Faux négatifs

Etant donné la rapidité de propagation du coronavirus, très peu d’études sont encore parues sur la sensibilité réelle des tests. «Selon la littérature, on compte environ 30% de faux négatifs avec les tests PCR», estime Damien Barraud, réanimateur au Centre hospitalier régional de Metz-Thionville, en France. Il cite notamment une étude chinoise publiée par la Société de radiologie nord- américaine, réalisée sur 1014 patients de Wuhan. Parmi ceux dont les tests PCR au Covid étaient négatifs, 75% présentaient des affections pulmonaires typiques sur leur scanner du thorax.

Il s ,avère en effet que les tests commerciaux utilisés dans les hôpitaux peuvent non seulement produire des résultats faussement positifs – lorsque du matériel viral reste dans le sang alors que la personne n’est plus infectieuse – mais

également de faux négatifs, dans une situation où, par exemple, l’écouvillon servant au prélèvement n’aurait pas collecté suffisamment de matériel. Ce

manque de sensibilité pourrait expliquer pourquoi des personnes atteintes par le Covid-19 ont été testées négatives à leur sortie de l’hôpital, puis positives plus tard, laissant croire à une possible réinfection alors que celle d’origine était en réalité probablement toujours présente.

4-2  Source de Faux négatifs apparents ou réels :

• Réactifs ou procédure incorrects ; le test ne détecte pas suffisamment le SARS-CoV-2.
  • Mutation du virus ; les réactifs sont mis en défaut ; c’est théoriquement possible mais pas encore signalé pour le SARS-CoV-2
  • Mauvais prélèvement ; le virus est présent mais le prélèvement a récolté trop peu de virus ; en particulier, on a vu des cas où le prélèvement est réalisé par le patient, ce qui risque d’être insuffisant car le prélèvement est très désagréable.
  • Début de l’infection ; la charge virale est encore faible.
  • Évolution de l’infection ; la charge virale dans les voies respiratoires supérieures a fortement diminué, bien que le virus soit présent dans l’organisme. Il faut faire des prélèvements dans les voies respiratoire basses, ou dans les selles.
  • Évolution de la maladie ; le virus a été neutralisé par les anticorps, la maladie est devenue une détresse respiratoire.
  • Erreur d’identification du patient.
  • Erreur du système informatique ; par exemple, l’Irlande a rapporté la situation où des tests revenus avec le statut invalide/indéterminé ont été classés négatifs parce que le logiciel utilisé ne connaissait que positif ou négatif

Pour la recherche : l’analyse RT-PCR est une méthode de référence pour les recherches sur le corona virus, par exemple pour l’étude de la persistance. Dans ce contexte elle présente un défaut sérieux ; l’analyse RT-PCR permet de détecter des traces même très faibles de l’ARN du corona virus, mais elle ne prouve pas que l’on est en présence de virions capables d’infecter une cellule.

C’est une source de controverses sur certaines études publiées.

4-3  Sources de Faux positifs apparents ou réels :

• Réactifs ou procédure incorrects ou mauvaise sélectivité : le test détecte autre chose que le SARS-Cov-2.

• Contamination croisée durant le prélèvement ou durant l’analyse.
  • Erreur d’identification du patient, notamment lorsque la procédure n’assure pas une traçabilité automatique par code barre depuis le prélèvement jusqu’à la délivrance du résultat..

5 Résumé

La pandémie actuelle du Covid-19 impose une stratégie diagnostique pour la prise en charge des patients. La performance du frottis nasopharyngé avec analyse par PCR peut être estimée sur la base des premières données bibliographiques. Celles-ci, certes de qualité faible, montrent une sensibilité de 56 à 83 % pour la PCR Covid-19. Un seul test négatif permet d’infirmer un Covid-19 dans la majorité des situations. Cependant, comme la valeur prédictive négative du test se situe entre 88 et 95 % en cas de probabilité pré test de 30 %, il est indispensable d’assurer le suivi de ces patients. Pour ceux qui présentent des symptômes typiques, qui auraient une probabilité prétest présumée à 40-50

%, un test négatif doit être interprété avec précaution et un deuxième test peut être indiqué

Un test diagnostique du SARS-CoV-2 peut être effectué en cas de suspicion de maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) à l‘examen clinique et en complément à des examens approfondis (tomodensitométrie, etc.).

6-Discutions et Recommandations

La réponse immunitaire aux différents virus de la famille des corona virus peut, par ailleurs, considérablement varier, rendant difficile toute estimation. Ainsi, ceux circulant en boucle dans les populations humaines et causant des pathologies bénignes, comme des rhumes, induisent une immunité oscillant, selon les calculs, entre trois mois et trois ans. Coévoluant avec le système immunitaire humain depuis des milliers d’années, ces virus se sont probablement adaptés à leurs hôtes pour devenir moins virulents, tout en parvenant à mieux manipuler notre réponse immunitaire.

Quant à l’épidémie de SARS-CoV-1 ayant sévi en 2003, les niveaux d’anticorps semblent rester stables durant environ deux ans, une étude rétrospective ayant

même montré, chez de rares personnes, la présence d’immunoglobulines de type G – une classe d’anticorps – jusqu’à six ans.

Face à autant d’inconnues, les experts scientifiques s’accordent sur un point: le seul moyen efficace d’avoir une protection sur le très long terme est

l’administration d’un vaccin contre le SARS-CoV-2, dont la mise à disposition pourrait intervenir d’ici un an.

-Faux sentiment de sécurité

Attention au faux sentiment de sécurit :Selon eux , les tests sont utiles pour donner une image épidémiologique globale de la propagation et de l’évolution du virus, mais leur utilité au niveau individuel est limitée. Qui donnent une image imprécise de la situation et « peuvent donner un faux sentiment de sécurité« .

– Il existe de nombreuses raisons pour lesquelles un test peut être faussement négatif : présence insuffisante de virus dans le mucus nasal, qualité et moment du prélèvement, conditions de transport et marge d’erreur du test lui-même

-Pour que le test soit le plus fiable possible, il faut non seulement le pratiquer correctement (en enfonçant l’écouvillon – l’espèce de coton-tige géant – jusqu’au fond de la gorge, au risque de faire pleurer le patient), mais aussi être réalisé au bon moment. « Le virus ne se trouve pas dans le nez tout au long des différentes phases »

-Sur 100 patients testés négatifs, il est probable que 30% d’entre eux soient infectés par le virus, estime-t-il. Cela ne veut pas dire que le test n’est pas bon mais que nous cherchons le virus au mauvais endroit, là où il n’est pas à toutes les phases de la maladie. »

• On estime que près de 20 % des individus infectés par le SARS-CoV-2 sont asymptomatiques mais peuvent propager la maladie. En conséquence, la stratégie de lutte contre la pandémie de Covid-19 qui ébranle nos sociétés passe nécessairement par une intensification des tests de détection de l’infection. Des dizaines de millions d’individus devront encore être testés pour contenir

l’épidémie. Mais également lors des dé confinements, afin de s’assurer qu’aucune nouvelle flambée épidémique ne survienne.

Pour atteindre ces objectifs, il sera vraisemblablement nécessaire de combiner deux types de tests. Les tests permettant d’identifier les individus porteurs du

virus et les tests identifiant les individus ayant développé une réponse immunitaire contre le virus. Combinés, ces tests permettent d’identifier trois catégories d’individus. Les individus non infectés, ne présentant ni virus ni

réponse immunitaire et qui sont donc susceptibles d’être infectés dans le futur. Les individus infectés, positifs pour le virus, qui peuvent disséminer l’infection et doivent donc être isolés. Et enfin les individus qui ne sont plus infectés et disposent d’anticorps contre le virus. Ces derniers devraient être, en théorie, résistants à l’infection et pourraient donc circuler et retravailler sans risque pour eux-mêmes ou leurs proches. Précisons qu’à ce stade, la qualité et la durée de

 cette protection n’est pas connue.

Dans un régime démocratique, l’adhésion de la population à une stratégie massive de tests est incontournable. Cette adhésion nécessite, à minima, une compréhension de la nature des tests réalisés, de leurs avantages ainsi que de leurs limites.

Recommandations

• Un seul test négatif permet d’exclure un Covid-19 dans la plupart des situations.
  • Il est indispensable d’assurer le suivi de ces patients et leur recommander l’auto isolement strict, selon les recommandations en vigueur pour le Covid-19 (10 jours après le début des symptômes et 48 heures sans symptômes, actuellement).
  • Un deuxième test peut être indiqué chez un patient qui cumule plusieurs symptômes typiques et qui aurait une probabilité prétest de 40 à 50 %. Dans ces situations, un test négatif doit être interprété avec précaution.

7- conclusion

Aucun de ces tests n’est fiable à 100 %, mais, utilisés par un personnel médical qualifié et en combinaison, ils permettent l’identification de la majorité des individus infectés et immunisés. Les tests antigènes et sérologiques POC, rapide et peu coûteux, semblent particulièrement adaptés à un dépistage de masse. Ils pourraient se substituer partiellement aux tests de détection du virus par RT- PCR et aux tests sérologiques par ELISA réalisés en laboratoire.

Le principal défi pour lutter efficacement contre cette pandémie est donc organisationnel. . En revanche, l’Europe et les USA n’ont, à l’évidence, pas

anticipé le risque. Le système hospitalier de certains pays et régions a été saturé avec des conséquences dramatiques. Il est donc urgent, pour sortir de cette crise par le haut, que des tests de masse soient réalisés afin de sécuriser les services

essentiels et d’évaluer régulièrement le niveau d’infection ainsi que le développement de l’immunité collective au sein des populations

En conclusion, un test PCR Covid-19 négatif doit être évalué en prenant en considération la prévalence et la probabilité prétest de la maladie dans la population testée. La VPN, qui diminue avec l’augmentation de la prévalence, doit être interprétée avec prudence, et un auto-isolement est indiqué pour tout patient présentant des symptômes typiques de virose. Un deuxième test peut être indiqué pour le patient qui présente plusieurs symptômes typiques de Covid-19

Rappelons que la probabilité d’être détecté positif est liée à la charge virale

et dépend de la durée des symptômes et de la sévérité de la maladie.

RT-PCR (ou moléculaires)

L’un des premiers tests de RT-PCR a été développé à La Charité à Berlin en janvier 2020 en utilisant la PCR quantitative et a formé la base de 250 000 kits que l’OMS distribue. Le 2 mars, l’OMS diffuse un protocole-type établi par l‘Institut Pasteur de Paris^]. D’après une étude coréenne, ce dernier test aurait une sensibilité inférieure à la détection du gène N. La sensibilité de ce type de test est évaluée entre 50 et 60% et la spécificité est assez mauvaise à 75% , contre 99% et 98% pour les tests PCR multiplex, qui ne sont pas début mai encore utilisés. La société sud-coréenne Kogenebiotech a annoncé le 11 février 2020 que son kit de détection PowerChek 2019-nCoV™ Real time PCR Kit, qui cible le gène « E » partagé par tous les Betacoronavirus et le gène RdRp spécifique du SARS-CoV-2, avait reçu une autorisation d’utilisation en urgence (en) de la part des autorités coréennes et américaines. D’autres sociétés comme Seegene et Solgent ont également développé en février 2020 leurs versions de kits de détection de qualité clinique appelés « DiaPlexQ » et « Allplex 2019-nCoV Assay » respectivement.

Aux États-Unis, les Centers for Disease Control distribuent le test de diagnostic CDC 2019- Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR aux laboratoires de santé publique. Dans les premières versions, un test génétique sur trois avait donné des résultats non concluants au CDC d’Atlanta ; les tests plus récents utilisant deux composants ont été jugés fiables le 28 février 2020, permettant aux laboratoires nationaux et locaux d’accomplir rapidement les tests : ce test a été approuvé par la Food and Drug Administration (FDA) en vertu d’une autorisation d’utilisation en urgence .

ALOUI MED MONCEF